2012年，泉州港在跨入亿吨大港行列的同时，“小三通”也取得长足进展，货运量94.99万吨，位居福建省第一。
泉州市交通运输委员会主任刘志平介绍，2012年，泉州对金马澎海上直航完成637航次、运载货物94.99万吨，分别同比增长25.64%、 29.27%;对台本岛集装箱班轮运输148航次、运载集装箱6146标准箱(其中重箱4819标准箱)，分别同比增长174%和205%;对台本岛海上直航11航次、运载货物3.29万吨。
泉州与台湾一衣带水，有着地缘相近、血缘相亲、文缘相连、商缘相通、法缘相系的“五缘优势”，泉州与金门更是相距仅6.5海里。泉州石井、崇武、后渚等对台小额贸易点距金门航程不过1.5-2.5个小时。
目前，泉州市有泉州丰泽船务有限公司和南安轮船有限公司等2家航运企业的9艘船舶被批准从事福建沿海各开放港口至金门、马祖、澎湖间货物运输。运输的货物主要有石雕、石材、沙石、瓷制品、纸制品、木雕、家俱、树苗、粮食等。